唇裂、腭裂修复手术的时间一般在2个月以后，腭裂在18个月以前实行手术。 对同时患有唇裂、腭裂的小儿，一般分两次手术，腭裂在唇裂修复术后3-6个月进行。若家长要求迫切，刚出生的患儿也可以进行唇裂修复术，但效果并不比2个月后进行手术者优越，而手术和麻醉的风险以及护理的困难要大一些。不论唇裂或腭裂，在等待手术期间，家长要保证患儿的营养和正常发育，避免呼吸道感染，以使患儿在全身健康状态下接受唇裂、腭裂手术。若新生儿的裂隙很宽，或双侧唇裂者前颌高耸，家长尽早与医院联系，医生可根据情况给予必要的指导或提前采取一定的措施以利于手术的进行。
唇裂手术是在裂口两侧切开，延长白唇转移红唇。按照设计的标志点，将两侧肌肉、皮肤和红唇对位缝合达到正常的形态。术后早期切口会有些发红，一般在半年后逐渐消退。在此期间可以外用一些药物以抑制瘢痕增生。
腭裂手术时医生在上腭的两侧作切口，游离后将软组织向中间推移，分层缝合两侧的肌肉、粘膜和粘骨膜而重建上腭。腭裂手术的创伤比唇裂大，手术后疼痛和不适会影响患儿进食，应设法补充高营养的流质，必要时给予静脉补液。
